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NeuroRadio

米国シアトル・ボストン在住の神経科学者2人によるポッドキャスト。最新の研究論文紹介や基礎科学・医学研究に関する(あるいは全く関係しない)雑談、留学情報など。感想やコメント、質問などはtwitterハッシュタグ #NeuroRadio あるいはinfoあっとneuroradio.tokyoまで。

science life sciences

All Episodes

01:44:43

#42 A catalyst for DIY optics

NeuroRadio ·

2022/08/02

Thorlabs Japanの勝木健雄さんをゲストに、顕微鏡作成サポート業務、東大・遺伝研・UCSDでの神経科学者としてのキャリア、Thorlabs の企業文化、そこで働く醍醐味ついて伺いました（6/5収録） Show notes: 勝木さん Thorlabs Japanのホームページ柳下さん Doricのフォトメトリーシステム Thorlabsのフォトメトリーシステム Thorlabsの２万種類以上の部品河西研のファイバーフォトメトリーの論文柳下さんのシステムはこちらの論文に基づいています(by 勝木さん) 理研の山森研 ThorlabsのBergamo 回転する一光子顕微鏡（pdf）パーツの組み合わせソーラボのgithub openなんとかのひとつ Janeliaの2p-RAM論文 ↑のThorlabsでのコマーシャライゼーション：Multiphoton Mesoscope UCL, Hausserの二光子Stimulation ↑のThorlabsでのコマーシャライゼーション（Bergamo + SLM）

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01:31:32

#41 CASTing light on the life at Broad Institute -...

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2022/07/26

齋藤諒さんゲスト回、後編。Broad Institute、他ラボとの差別化、CRISPRの賞レース、ボスと異なる独自性を出すこと、について伺いました（7/9収録） Show Notes: ATAC-seqでぷらすみどのシークエンシングする（ぷらすみどをTn5でtagmentationして、barcodeつきprimerでPCRして、まとめてNGSにかけるということです。。。by齋藤さん）濡木研から来たポスドクの方：平野さん Z-lab メンバーを参照 Aviv Regev Eric Lander Jim Collins David Liuがデリバリーをやる: eVLP Base editor Fei Chen Omar Abudayyeh Jonathan Gootenberg Xiao Wangラボ Spatial transcriptomics回こうせきはラマン McGovern InstituteのFellow David Bartel ハワードヒューズ: Howard Hughes Medical Institute

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01:43:40

#40 CASTing light on the life at Broad Institute -...

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2022/07/20

Broad Instituteの齋藤諒さんゲスト回、前編。スイスFMI時代のHDAC6のお仕事、ポスドク先探し時のエピソード、CAST I-BとV-KのHoming機構論文の背景、Fengの人柄＆ラボでの生活、等について伺いました（7/9収録） Show Notes: Jennifer Doudna のThe Code Breaker SHEROCKによるCOVID-19の検出 Broad Institute Feng Zhang FMI 早稲田の先進理工学部の生命医科学科 City of Hope 楽しかった研究@早稲田仙波研 FMI指導教官、Patrick Matthias Ph.D.のプロジェクトアセチロームの解析をやっているChunaram Choudhary Steven McKnight 加藤さんの仕事（実際にきっかけとなったのは、FUSのリン酸化ではなくGYGモチーフに関するmutagenesisの実験でした。by齋藤さん）

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01:48:53

#39 A biophyisicist-turned-neuroscientist

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2022/06/22

マックスプランクフロリダの安田涼平さん（@Ryohei_Neuro）をゲストに、１分子イメージングから１スパイン・分子活性のイメージングへと分野を変えていった時に考えていたこと、Karel Svobodaのラボでポスドク時代に学んだこと、その後の独立、マネジメント哲学、最近の研究とこれからの新しい展開などについて伺いました（6/5収録） Show Notes: 安田さんラボHP 安田さんブログ安田さんHP記事アメリカでラボを持ちたい！マックスプランクフロリダ (Max Planck Institute Florida Institute for Neuroscience) ATP合成酵素が回転するところをアクチンつけて観た仕事東工大（当時）の野地さん：現在東大で主催しているラボ木下研HP（早稲田へ）カレル：Karel Svobodaのこと。安田さんのポスドク時代のボスであり、萩原の現・ボス。 Karelが見つけたキネシンのステップ 120°ずつ回転、仕事効率ほぼ100% Winfried Denk

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02:09:01

#38 Latent dynamics

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2022/06/01

Allen Instituteでのラボミーティング形式、リフレッシュ方法、PDF日本語訳の活用、等について雑談。フラッシュ論文紹介は、分スケールの周期を持つ反復する発火シーケンス＠MEC、mPFCから海馬への長距離抑制性入力が起点となるdis-disinhibition回路、異なる個体の神経活動を類似した潜在空間に埋め込む手法、など。(5/23収録) Show Notes: 来春にWyss研究所移転 SfN:Society for Neuroscience 北米神経科学会。世界最大の超巨大神経系学会。 Cosyne Meeting 近所のメキシコ料理屋の美味しいブリトー（El PelonのEl Guapo, guacamole追加がオススメ） Schnitzer論文論文その１：Minute-scale oscillatory sequences in medial entorhinal cortex Striatumを冷やした時の時間認知変化論文その２：Top-down control of hippocampal signal-to-noise by

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01:13:10

#37 Robust routing to strong physiology + molecular...

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2022/05/25

北西卓磨さん(@tkitanishi)ゲスト回、後編。予算申請書の書き方、研究室のスタッフから独立ポジションに移るまでのこと、今後行っていく大規模記録・多変量解析の方針などについて伺いました（4/27収録） Show Notes: 日本語の作文技術頭が赤い魚を食べる猫北西さんが採択されたAMED-PRIME 永井先生伊佐先生先進科学研究機構の人事 Buzsakiラボ NR, 五十嵐さんに言わせると…の回最近Communications Biologyに出した仕事瞬間的に介入したとしても、いろんなことが起きる (Otchy et al) Discrete Attractor Dynamicsの仕事（Inagaki et al)　短期記憶を保つ神経細胞集団からの記録中にオプトで神経活動を阻害し、集団の活動がどうリカバリするかを見ることでアトラクタ構造を明らかにした仕事。自然にあるディスクリートアトラクターの遷移を追った研究の例パーコレーション（8.2を参照）パーコレーション理論を神経回路動態の解析に適用した例

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02:04:29

#36 Robust routing to strong physiology + molecular...

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2022/05/17

今年３月に東大先進科学機構で独立した北西卓磨さん(@tkitanishi) をゲストに、電気生理 × AAV 黎明期の様子、ノルウェー生活、SPD～スタッフ時代の研究について伺いました。後編に続く（4/27収録） Show Notes(完全版): 北西ラボHP 総合文化研究科先進科学研究機構岡ノ谷ラボ（現帝京大）博士の仕事田代ラボ（現シンガポール）田代ラボでのお仕事の筆頭著者レビュー 2005年のオプト論文 PINP論文 (=OptoID or OptoTagging) 田代さんのERCグラント利根川先生のエングラムの話 Open Ephys Kavli Institute (for Systems Neuroscience) Moserラボ五十嵐さん伊藤さん上村さん小金澤さん Menno Witterラボ Mor Ther. Generation and Characterization of Chimeric Recombinant AAV Vectors 学振SPD:

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01:53:15

#35 Introduction to structural biology for...

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2022/05/10

東大先進科学機構の加藤英明さん(@emeKato)をゲストに、今回のChRmine構造論文やこれまでの仕事の背景、神経科学者が構造生物学について知っておくと良いこと、今後の構造生物学の展開等を伺いました。(2/20収録) Show Notes(完全版は番組HP): 加藤研加藤さん過去インタビュー 1 2 ChRmineの論文濡木研 Brian Kobilkaラボ Brianノーベル賞のページ 2012年のNature論文（ChR1とChR2のキメラ、C1C2の構造解析）の新着論文レビュー服部素之さんタンパク質結晶化の基礎と蒸気拡散法の解説 (pdf注意) 芳賀先生のNature 2012 （註：だいぶ年が間違ってましたね・・・ by 加藤さん）脂質キュービックフェーズ（LCP）法（pdf注意） Nanobodyを使ったBrianたちの論文 iC++の構造論文（Nature筆頭論文その３） GtACR1の構造論文（Nature筆頭論文その４）上記論文の新着論文レビュー

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02:22:05

#34 Catch-22 in code-switching

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2022/03/27

アメリカでの運転免許取得、Mini2P、MATLABからPythonへの移行に関する雑談。フラッシュ論文紹介は海馬４重vivoパッチ、BLAドパミンREM睡眠、シータ波と歩くリズムの同期、第三世代Rabies、投射先アストロサイト標識、eVLPについて。(3/19収録) Show notes(完全版はこちら): COTEN RADIO バイオステーションゲスト回 catch-22 Koch Family Zipcar Mini2P論文 Biologyの方 Mini2p自体はNature Methodsに２報くらい 1 2 ノルウェーの会社製の（GRINじゃなくてElectrical Tunable Lens的なやつだった…）ゼロから作るDeep Learning vscode A neuroscientist’s Python environment (Allenの同僚・伊藤さんによるpython開発環境の解説記事。Remote development extension packが便利そう) spyder 3090

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01:49:34

#33 Reviewing the Art of Review

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2022/02/18

生活立ち上げPart 2、研究所システムの便利なところと融通が利かないところ、意外と良いアメリカの飲み物事情。後半はeLifeでの査読体験と実験医学の『査読の技法』をネタにPeer Reviewのやり方について雑談（2/12収録） Show notes: 雑談編トーラス論文がパブリッシュ ↑について話したEP2 CRACK論文 ↑について話したEP4 eVLP論文ネットで空きを探す：基本はZillowでやりました Wise (旧Transferwise)：手軽かつ割と良いレートで送金できたりするテイクアウト：米国でもTake Out、一部の地方（含ボストン）ではTo-go。英国ではTakeaway。イートインは for here シンク：アメリカのシンクにはディスポーザル（生ごみ粉砕機）がついているソーラボ（Thorlabs）：DIY光学系のためのパーツを売る会社アダム：最近Allenにジョインしたライトシート顕微鏡作成のスペシャリスト Janeliaのハエを移す機械： Drosphilobot コーラゼロは国によって味が違う

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03:10:24

#32 Emotional intent of a PD soon-to-be a PI

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2022/01/24

CaltechのDavid Andersonラボのポスドクで、最近Johns Hopkinsの独立ポジションを確保された苅郷友美さん（@TomomiKarigo）にお越しいただき、これまでのキャリア、ビビッドなジョブハントの経験談、直近の論文の裏話などを伺いました（9/5収録） Shote notes: 苅郷さん google scholarページ岡良隆先生ラボHP David AndersonラボHP 2014年のLee et al. Dayu Lin 2011年の論文苅郷さんのヒューマンフロンティア孤独になったら緑色に：Social Isolationでタキキニンが上がる、の論文苅郷さんのAndersonラボでの論文 Remedios et al. アン・ケネディ NeuroRumblrのサイト ERC Starting Grant Johns Hopkins のNeuroscience Department Johns HopkinsのKennedy Krieger Institute University of

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02:43:26

#31 New moves, new variants

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2022/01/16

大陸をまたいでの２人収録。オミクロン株が蔓延する中での新生活セットアップ、Allen Institute for Neural Dynamicsの第一印象など。後半では、最近神経科学界隈で話題のウイルスの新規変異（AAV.CAP-B10）や弱毒ワクチン（YFV-17D）について（1/4収録） Shownotes: モニュメントバレーボストン近郊のスキー場大学の不動産レイク：Lake Union Social Security Number：マイナンバーのようなもの全学でやっているポスドクのトレーニング（註：これは医学校だけでした） Uwajimaya：シアトルの日本食スーパー一個目の論文 CaltechのGradinaru Ben Deverman PHP.BとかPHP.eB とか PHP.eBの感染にはLy6aというタンパク質が必要その１その２ CLOVER Capsida Biotherapeutics Paul H Patterson マーモセットでやる：最近出てました

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01:59:32

#30 Being a technologist at 10x

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2021/12/24

初のインダストリーからのゲスト。Wyss Institute から 10x Genomics に就職された佐々木浩さん(@popeetheclown)にお越しいただき、アカデミアとインダストリーの研究スタイルや自由の違い、海外就活の詳細なタイムラインと勘所、インダストリー研究ならではの醍醐味について伺いました（11/22 収録） Shownotes: 佐々木浩さん 10x Genomics Wyss Institute HP 泊研HP RISCの形成過程再構成＆一分子イメージングのお仕事論文筆頭著者レビュー aaRS(PheRS)に関する構造生物学のお仕事 DNA-PAINTの簡単な説明ぽん（Peng Yin）ラボHP DECODE-PAINTのお仕事（講演アブスト）兵庫県立大学の吉久先生日本RNA学会上海科技大学の多田隈さん DNA Origami 2006の論文 University of Washington の Brianラボアカデミアとインダストリーの自由度について、

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01:32:05

#29 Plasticity in engram/research-interest Part. 2

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2021/12/03

Part. 1に続きDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro)にお越しいただき、直近のNature Genetics論文の裏話と、今後行うEngram関連のプロジェクトについて伺いました（11/4収録） Shownotes: 1st著者Bipartite 論文 Kitazawa et al., Nat Genet 2021 バレレットの発生について1st 著者としての総説 Kitazawa et al., Curr Opin Neurobiol 2018 最初期遺伝子、Immediate early gene (IEG) ニューロ、エピジェネティクス、クロマチンについて総説たち 1 2 ChIPseq、抗体を使って特定のタンパク質と相互作用のあるゲノム領域を同定 H3K4me2= パーミッシブにアクティブなマーク H3K27ac=強く転写アクティブ H3K27me3=ポリコーム (Polycomb) 依存の抑制性マーク ATACseq、トランスポゼースを使ってオープンなクロマチンの存在するゲノム領域を同定

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02:26:41

#28 Plasticity in engram/research-interest Part. 1

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2021/11/26

デンマーク・オーフス大のDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro, 現FMI Rijliラボ)をゲストに、これまでのキャリア・興味の変遷、FMI、ヨーロッパでの就活などなどについて話しました。(11/4収録　* 初のin-person収録ということで宮脇はお休み) Shownotes: 北沢ラボ(2022夏open予定、現在メンバー募集中)@DANDRITEのHP Aarhus大学DANDRITE (#20/21 米原さん回も参照) Nordic-EMBL EMBL 長野県の松本深志東大医のPhD-MDコース栗原裕基教授 Single-cell レベルでChIPseqできるCut&Run Hoxa2論文(Kitazawa et al., Developmental Biology, 2015) 鼓膜進化論文(Kitazawa et al., Nature Comm, 2015)

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02:39:47

#27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscience

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2021/10/11

BICCNのNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました（10/10収録） Shownotes: 10/20 に出る実験医学 Mesoscale Connectomeの仕事 Allen Institute for Brain Science Allen Institute for Neural Dynamics Tasic 2016 Tasic 2018 BICCNのサイトに載っている分かり易い対応図（このページの下の方） BICCNやってる人たち一覧 17報の論文：並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変 Flagship paper：Motor cortexの論文群をまとめたやつ。 Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel

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00:27:21

#26 Poor is the pupil who does not surpass his master...

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2021/10/08

五十嵐さん回その4。収録終了後の雑談からオムニバス的に編集。最近の海馬でのSpatial+α表象の仕事についての見解、リバッタルでのレビュワーとのやり取り、新メンバーのテーマ設定、などなど（8/31+9/1収録）。 Shownotes： Eichenbaumが2000年くらいに言ってたこと（Neuron）あのEvidenceの論文 Aronovの仕事 Saltzmanの論文 Wallisの論文 Shoenbaumの論文 Peter Stern (Scienceのページ、工事中…？) https://www.science.org/author/peter-stern?page=2 Moserラボ出身のNNエディター、Dave（現在Nature本誌のエディター） Grid cellのramapping/realignmentについて詳しくはこちら森先生のカップラーメンの賞（2007年度安藤百福賞）五十嵐さんのカップラーメンの賞（同上、2017年度） Miura et al., Cury and Uchida 色々つっこむかも

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02:57:06

#25 Poor is the pupil who does not surpass his master...

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2021/09/22

五十嵐さん(@kei_m_igarashi)回その３。Nature論文を読んでからのディスカッションを行った後、高IFジャーナルの功罪、日本とノルウェーの大学院生の境遇の違い、若い研究者へのメッセージを伺いました（9/1収録） Shownotes: Schultzの実験 Assimilative learning: 既に確立したスキームを用いて行う新しい情報の学習 CAV2：逆行性に飛ぶウイルス LiqunのVTAの論文（DeisserothのはB2Bで出てたSNcのドパミンマッピングでした） Amygdalo-hippocampusのpaternal論文はこれ。Denis Pare弟子の天野さん。クワイナイン：キニーネ。苦い。 Kay Tyeのprefrontalのドパミン論文柳下さんの一個目の（ドップジャーナル）論文 JN Mingote et al のドパミン投射先、LECでのパッチ内田さんの最近のCell論文亜核ごとにパッチをするとドパミン・グルタメート・GABAの混合率が変わる…の論文 Arcの周りに（アミロイド）βが溜まる

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02:46:39

#24 Poor is the pupil who does not surpass his master...

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2021/09/22

UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)にお越しいただき、モーザーラボでのポスドク時代、ジョブハント、独立してからのお話をしていただきました。そして最後に今回のNature論文を少し頭出ししていただきました（8/31収録） Shownotes: ジョブハントについて：五十嵐さん就職活動記 MoserラボのGrid Cell論文 Loren FrankラボHP 田代さんラボHP（現在シンガポール） Lisa GiocomoラボＨＰ McNaughtonとのNRNのreview 故Howard Eichenbaum のラボ Jim KnierimがScienceに2005年に出してたMECとLECは違うっていう論文 Laura Colginのガンマ論文藤澤さんの匂い嗅いでAlternatingの論文 Edvard Moser May-britt Moser 経歴や最近の仕事についてはNeuroRadio EP2をご参照ください BuzsakiラボからのFernandez-Ruiz et al., ガンマの方

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02:22:56

#23 Poor is the pupil who does not surpass his master...

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2021/09/15

UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)にお越しいただき、学部・大学院時代のお話、特に『失敗談』– あるいは地獄の釜の底 – について伺いました（8/31収録） Shownotes: 五十嵐ラボHP 五十嵐さん過去の読み物一覧五十嵐さんのMoserラボでのN論文伊藤さんのMoserラボでのN論文 NHKの脳ドキュメンタリー驚異の小宇宙人体II 脳と心五十嵐さんのお父様（註：退官済み）森憲作先生 Serizawa et al 2000 Nat Neurosci 訂正：近くのORは近くに投射する、というのは、その前のTsuboi et al JNSの内容で、この論文はolfactory receptorは相互排他的に発現する、という内容恩送りのくだり＠Twitter 森先生は阪大基礎工の塚原仲晃の弟子。修士を塚原研で過ごしています。 Stephen Kufflerとその弟子たち＠Neurotree Sturat FiresteinによるOlfactory receptor解析論文（訂正：ヒトでなくマウス）

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