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PODCAST

千菌万码 Microbial Matters

Zhenrun Jerry Zhang

一支穿云箭，千菌万码来相见！千菌万码是一档介绍最新肠道菌群研究的播客。Microbial Matters, a podcast introducing latest microbiome research.

science life sciences

All Episodes

00:09:00

EP18：大哉问：尿为什么是黄的？

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2025/09/29

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。尿液为什么是黄色的？血红素是怎么一步步被代谢，最终变成尿胆素并排出体外的？胆红素如果不能有效清除，会对身体造成什么样的影响？肠道微生物在血红素代谢中扮演了怎样不可替代的角色？什么是BilR酶，它是如何被发现并确认具有胆红素还原功能的？BilR在不同细菌和人群中分布如何？是否和疾病有关？新生儿为什么更容易发生黄疸？炎症性肠病患者是否存在胆红素代谢功能缺陷？为什么说这项研究填补了一个“百年未解”的科学空白？今天介绍的文章是：BilR is a gut microbial enzyme that reduces bilirubin to urobilinogen （BilR是一个将胆红素还原为尿胆原的肠道微生物酶）。在2024年1月发表于Nature Microbiology 《自然·微生物学》。第一作者： Brantley Hall通讯作者：Brantley

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00:14:36

EP17: “天生痛风圣体”的人类，有肠道菌群默默守护！

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2024/09/18

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。痛风的根源是什么？为什么近年来中国高尿酸血症的患病率如此迅速攀升，已经成为继“三高”之后的“第四高”？人类为何在进化中失去了尿酸酶基因，导致我们成为“天生痛风圣体”？现有的降尿酸药物有哪些副作用，为什么需要探索新的降尿酸途径？肠道菌群如何在尿酸代谢中发挥了重要作用，能够帮助我们有效降低尿酸水平？斯坦福大学的最新研究如何揭示肠道细菌降解尿酸的潜在机制？中山大学的研究如何发现肠道细菌可以通过刺激宿主促进尿酸排泄？高尿酸血症和痛风患者如何通过饮食管理、体重管理和生活方式调整来有效控制症状？今天介绍的文章1：一个广泛分布的基因簇弥补了灵长类动物中尿酸酶缺失的影响（A widely distributed gene cluster compensates for uricase loss in hominids）。在2023年8月发表于《细胞》Cell。第一作者： Yuanyuan Liu 通讯作者：Dylan

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00:12:02

SP16: Game On: How Borderlands 3 is Advancing Gut...

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2024/08/27

Microbial Matters, a podcast introducing latest microbiome research. Hi, I’m Jerry Zhang, a chemical biologist studying human microbiome. In this Podcast, I’m going to share with you newest advances in microbiome research, especially those related to human health.Sarrazin-Gendron, R. et al. Improving microbial phylogeny with citizen science within a mass-market video game. Nat. Biotechnol. 1–9 (2024) doi:10.1038/s41587-024-02175-6. Have you played Borderlands 3? Did you know that the in-game

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00:13:32

EP16：400万游戏玩家竟然偷偷卷科研！

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2024/07/31

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章是：Improving microbial phylogeny with citizen science within a mass-market video game （通过大众市场电子游戏中的公众科学改进微生物种系发生学）。在2024年4月发表于《自然·生物技术》。第一作者： Roman Sarrazin-Gendron 通讯作者：Jérôme Waldispühl 通讯单位：McGill University

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00:07:48

EP15：便秘患者新希望！肠道微生物如何帮助缓解便秘？

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2024/07/28

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章是：A key genetic factor governing arabinan utilization in the gut microbiome alleviates constipation(一个控制肠道微生物组中利用阿拉伯聚糖的关键基因簇缓解了便秘)。在2023年11月发表于Cell Host &

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00:06:51

EP14：酒不醉人人自醉？肠道细菌惹的祸！

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2024/05/27

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章：文章1：Fatty Liver Disease Causedby High-Alcohol-Producing Klebsiella pneumoniae，2019年发表于Cell Metabolism. 第一作者：袁静通讯作者：袁静，刘翟，杨瑞馥通讯单位：首都儿科研究所，中国科学院武汉病毒研究所，中国人民解放军军事科学院军事医学科学研究院微生物流行病研究所文章2：Bacteriophage targeting microbiota alleviates non-alcoholic fatty liver disease induced by high alcohol-producing Klebsiella pneumoniae，2023年6月发表于Nature Communications. 第一作者：Lin

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00:06:59

EP13：人类肠道噬菌体库

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2024/03/29

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章： Shen, J., Zhang, J., Mo, L., Li, Y., Li, Y., Li, C., Kuang, X., Tao, Z., Qu, Z., Wu, L., et al. (2023). Large-scale phage cultivation for commensal human gut bacteria. Cell Host Microbe 31, 665-677.e7.

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00:09:33

荐书：《身体的问题，肠知道》

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2023/11/26

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天给大家分享一下我对《身体的问题，肠知道》一书的读后感。这本书由拉施妮·拉杰博士撰写，她是一位专门研究消化道疾病的医生和科普作家。书中用房子比喻人体，探讨肠道菌群在维持健康方面的重要性。书中列举了最新的研究结果，详细解释了“房子”的每个房间与肠道菌群的关系。作者还提供了具体的食谱和建议，旨在帮助读者改善肠道健康。对于希望学习一些基本的肠道菌群与健康的知识的读者，这是一本不错的入门书籍。在小宇宙APP中的本期节目下评论留言，点赞数最高的三条评论会得到主播送出的一本《身体的问题，肠知道》。欢迎大家踊跃互动！今天的分享就到这里了。感谢您的收听！您可以在小宇宙APP和微信公众号私信给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏，或者通过shownote末尾的支持链接进行订阅支持！谢谢大家！支持这个播客：https://anchor.fm/szhangjerry/support Support this podcast:

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00:16:43

SP12: Gut bacteria make trouble for antidiabetic...

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2023/09/19

Microbial Matters, a podcast introducing latest microbiome research. I’m Jerry Zhang, a chemical biologist working on human microbiome. In this Podcast, I’m going to share with you newest advances in microbiome research, especially those related to human health. What is the link between gut microbiota and metabolic diseases in humans? Which study found the link between obesity and gut microbiota? How does gut microbiota affect Type 2 diabetes? What is the effect of the common antidiabetic drug

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00:09:33

EP12.5: 肠道细菌给降糖药捣乱，中药中的新降糖药！

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2023/08/16

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章： Wang, K., Zhang, Z., Hang, J., Liu, J., Guo, F., Ding, Y., Li, M., Nie, Q., Lin, J., Zhuo, Y., et al. (2023). Microbial-host-isozyme analyses reveal microbial DPP4 as a potential antidiabetic target. Science 381.

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00:09:32

EP12: 肠道细菌给降糖药捣乱！

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2023/07/05

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的两篇文章： 1.Tian, J. et al. Inactivation of the antidiabetic drug acarbose by human intestinal microbial-mediated degradation. Nat Metabolism 1–14 (2023) doi:10.1038/s42255-023-00796-w. 2.Keller, L. J. et al. Chemoproteomic identification of a DPP4 homolog in Bacteroides thetaiotaomicron. Nat. Chem. Biol. 1–11 (2023)

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00:06:05

EP11: 肠道细菌产生新型促癌毒素

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2023/05/08

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章是：Commensal microbiota from patients with inflammatory bowel disease produce genotoxic metabolites （炎症性肠病病人的菌群产生有遗传毒性的代谢物）。在2022年10月发表于《科学》（Science）杂志上。第一作者：曹议匀通讯作者：Noah W. Palm 通讯单位：耶鲁大学结直肠癌与肠道菌群有什么关系？什么细菌会产生造成DNA突变的毒素？摩根菌产生了什么新型的毒素？它对结直肠癌有什么影响？原文链接：https://doi.org/10.1126/science.abm3233 感谢您的收听！您可以在小宇宙APP给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏，或者通过shownote末尾的支持链接进行订阅支持！谢谢大家！支持这个播客：https://anchor.fm/szhangjerry/support Support this podcast:

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00:06:35

EP10: 肠道细菌与人类共同进化！

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2023/03/08

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章是：Codiversification of gut microbiota with humans （人类与肠道菌群的共同多元化）。2022年9月发表于Science 《科学》杂志。第一作者：Taichi A. Suzuki, J. Liam Fitzstevens 通讯作者：Ruth E. Ley 通讯单位：Max Planck Institute for Biology, Tubingen 马克斯普朗克生物研究所我们已经知道，人类的肠道里有数万亿个细菌，它们帮助我们消化食物、抵御感染，甚至影响我们的情绪和行为。但是这些细菌从何而来呢？尤其是如果把时间尺度放大，从人的一生放大到人类的进化史，那么肠道菌群是怎样与人类演化的呢？它们是否与人类一起进化的呢？哪些细菌与人类共同分化了？共同分化的细菌有什么特征？原文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm7759 您还可以在Spotify、Apple Podcasts、Google

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00:12:05

SP9: Are sweeteners impacting our gut health?

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2023/02/11

Microbial Matters, a podcast introducing latest microbiome research. J. Suez, Y. Cohen, R. Valdés-Mas, U. Mor, M. Dori-Bachash, S. Federici, N. Zmora, A. Leshem, M. Heinemann, R. Linevsky, M. Zur, R. B.-Z. Brik, A. Bukimer, S. Eliyahu-Miller, A. Metz, R. Fischbein, O. Sharov, S. Malitsky, M. Itkin, N. Stettner, A. Harmelin, H. Shapiro, C. K. Stein-Thoeringer, E. Segal, E. Elinav, Personalized microbiome-driven effects of non-nutritive sweeteners on human glucose tolerance.Cell (2022),

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00:11:42

EP9: 0糖0卡的甜味剂，对健康0影响吗？

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2022/09/04

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章是：Personalized microbiome-driven effects of non-nutritive sweeteners on human glucose tolerance （甜味剂对葡萄糖耐受的影响是个人化的，且由菌群驱动）. 在2022年8月发表于Cell细胞杂志。第一作者： Jotham Suez, Yotam Cohen 通讯作者：Eran Segal, Eran Elinav 通讯单位：Weizmann Institute of Science 以色列魏茨曼科学研究所 00:38 Eran们的实验室过往研究简介 02:10 甜味剂简介及个人味觉感受 04:14 不同甜味剂代谢的区别以及“0卡”的秘密 05:36 正文介绍：实验设计 07:39 主要结论一：糖精和三氯蔗糖可逆地影响糖耐度 08:20 主要结论二：肠道菌群介导了糖耐度变化，对甜味剂的响应因人而异 09:23 研究局限 10:09

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00:08:52

EP8: 阿克曼菌的“精油”

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2022/08/10

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章是：Akkermansia muciniphila phospholipid induces homeostatic immune responses （嗜黏蛋白阿克曼菌的磷脂诱导稳态免疫响应）。在2022年7月发表于Nature自然杂志。第一作者： Munhyung Bae, Chelsi D. Cassilly 通讯作者：Ramnik J. Xavier, Jon Clardy 通讯单位：哈佛医学院，博德研究所 00:51 阿克曼菌与人类健康 02:05 阿克曼菌身上啥是宝？ 03:22 阿克曼菌的“精油” 05:16 PE的结构与活性的关系 05:55 阿克曼菌PE的免疫调节效果 07:46 拓展阅读：人类病菌的磺酸脂原文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-022-04985-7 感谢您的收听！您可以在小宇宙APP给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏！谢谢大家！ --- Support this

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00:06:35

EP7: 什么能预测艰难梭菌感染复发？

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2022/07/27

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。不知道大家能不能听出来，这是我换了新话筒以后录的第一期节目，我趁Prime Day买了一个AmazonBasics的一个电容话筒，不知道音质有没有提升？今天介绍的文章是：Gut metabolites predict Clostridioides difficile recurrence （肠道代谢物预测艰难梭菌复发）。在2022年6月发表于Microbiome（微生物组）上。第一作者： Jennifer J. Dawkins, Jessica R. Allegretti 通讯作者：Georg K. Gerber 通讯单位：哈佛医学院 00:56 艰难梭菌反复感染 02:10 研究设计 03:07 代谢组是最佳预测变量 04:13 哪些分子与感染复发相关？ 05:43

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00:07:16

EP6: 已知最大的细菌，比更大还更大！

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2022/07/11

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章是：A centimeter-long bacterium with DNA contained in metabolically active, membrane-bound organelles （一个厘米级的、DNA在代谢活跃、膜包裹的细胞器中的细菌）。在2022年6月发表于Science科学杂志。第一作者： Jean-Marie Volland, Silvina Gonzalez-Rizzo, Olivier Gros 通讯作者：Tanja Woyke, Shailesh V. Date 通讯单位：美国劳伦斯伯克利国家实验室等 00:57 突破性发现一：巨大的肉眼可见的细菌！ 03:17 突破性发现二：细菌内有非常多带膜的细胞器！原文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.abb3634 今天的分享就到这里了。感谢您的收听！您可以在小宇宙APP给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏！谢谢大家！ ---

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00:09:45

EP5：微流控帮助解析人肠道菌群的单细菌基因组

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2022/06/27

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章是：High-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome （高通量、有菌株解析度的单细菌基因组应用于人类肠道菌群）；在2022年6月发表于Science科学杂志上。第一作者：郑文山、赵诗杰通讯作者：Peter Lu, Eric Alm, David Weitz 通讯单位：哈佛大学，麻省理工学院 00:55 研究菌群基因组的几种策略与其局限性 03:06 微流控技术Microfluidics简介 04:30 正文介绍，Microbe-Seq 08:03 Microbe-Seq的局限 08:54 利益相关声明原文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm1483 感谢您的收听！您可以在小宇宙APP给我留言提出宝贵意见！您还可以在爱发电平台搜索“千菌万码”以及在微信公众号“千菌万码”给我打赏！谢谢大家！ ---

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00:09:20

EP4: “非侵入肠道记录器”离应用还很远

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2022/06/15

一支穿云箭，千菌万码来相见！大家好，我是张禅跑。今天介绍的文章是：Noninvasive assessment of gut function using transcriptional recording sentinel cells (使用转录记录的哨兵细胞进行肠道功能的非侵入评估)。在2022年5月发表于Science科学杂志。第一作者： Florian Schmidt, Jakob Zimmermann, Tanmay Tanna 通讯作者：Andrew Macpherson, Randall Platt 通讯单位：ETH Zurich苏黎世联邦理工学院, 伯尔尼大学 01:07 Record-Seq背景介绍 02:30 正文介绍 03:46 吐槽1：Record-Seq的系统性偏差 04:57 吐槽2：Record-Seq无法在时间上调控 06:23 小鼠食粪对Record-Seq的进一步干扰 06:51 吐槽3：Record-Seq丢失了时序信息 07:42

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